После того как настройка выполнена и для документов указаны направления обмена, в интерфейсе карточек соответствующих видов документов 1С появится кнопка Доки ЭДО:

При нажатии на эту кнопку откроется меню с основными действиями по электронному документообороту:

Подписать и отправить — документ будет подписан электронной подписью и отправлен контрагенту.
Посмотреть электронный документ — переход к карточке документа в веб-интерфейсе Доки;
Сохранить черновик — документ будет сохранен в папке «Черновики» в веб-версии Доки со статусом «Готов к отправке» для последующего подписания или отправки;
Отправить по маршруту — позволяет отправить документ по заранее настроенному в веб-версии Доки маршруту согласования:

Если документ 1С содержит несколько файлов, при отправке откроется окно выбора файлов для формирования пакета. Выберите нужные файлы, укажите, требуется ли запрашивать ответную подпись контрагента по каждому из них, и нажмите Готово:

Система автоматически подпишет документы и отправит их контрагенту. В результате в карточку документа 1С будут добавлены печатная форма подписанного документа с визуализацией штампа и файл электронной подписи (ЭП).

Статус электронного документа в карточке 1С изменится на актуальный:

Когда контрагент подпишет документ со своей стороны, статус электронного документа обновится автоматически. В карточку документа 1С добавится электронная подпись контрагента, а печатная форма PDF дополнится визуализацией штампа со стороны контрагента:

Увидеть все подписи, которыми подписан документ (и вашу, и контрагента), можно на вкладке ЭП карточки документа 1С:

При получении входящих документов в модуле Доки вы можете создать на их основании документы в 1С. Для этого в веб-интерфейсе Доки выберите нужный документ (или пакет) и нажмите кнопку Добавить в 1С → Создать документ 1С:

На основании настроек соответствия система предложит выбрать вид документа 1С, в который нужно загрузить данные:

После создания документа в 1С, в интерфейсе Доки напротив него появится значок белого листа в столбце «1С». Двойной клик по этому значку откроет созданную карточку документа, где будут находиться оригинал полученного файла и его печатная форма со штампом:

Чтобы подписать полученный документ или отклонить его, перейдите в карточку электронного документа. Сделать это можно, нажав кнопку Доки → Посмотреть электронный документ или кликнув по статусу документа Доки в карточке 1С. В открывшейся карточке электронного документа нажмите Подписать или Отклонить: